A sede internacional das POM está em Roma. Fazem parte da estrutura geral das Obras um presidente e quatro secretários. A sede nacional está em Brasília, fazem parte da organização um diretor nacional com três secretários nacionais das Obras.

De maneira especial, as POM estão à disposição do Papa que confia à Congregação para a Evangelização dos Povos a tarefa de coordenar as quatro obras pontifícias.

A comunhão com a Igreja do Brasil acontece através das Comissões Episcopais da CNBB (Conferência Nacional dos Bispos do Brasil): Comissão Episcopal Pastoral para Animação Missionária e Cooperação intereclesial; Comissão Episcopal para a Amazônia e REPAM; Comissão Episcopal para Ministérios Ordenados e Vida Consagrada; Comissão Episcopal para Juventude; Comissão Episcopal para a Vida e Família e Comissão Episcopal para o Laicato.

Além da comunhão com os Organismos eclesiais: Conselho Missionário Indigenista (CIMI) e Centro Cultural Missionário (CCM).

Na prática a comunhão se realiza através da participação no COMINA (Conselho Missionário Nacional) e Conselho Episcopal Pastoral (CONSEP) e Conselho Permanente da CNBB. Nos âmbitos regionais, diocesanos e paroquiais, a comunhão acontece nos Conselhos Missionários Regionais (COMIREs), Diocesanos (COMIDIs) e Paroquiais (COMIPAs).