No período da construção da Capital Federal, diversas foram as instituições que implementaram suas sedes em Brasília. As Pontifícias Obras Missionárias, da mesma forma, realizaram a implementação de sua sede nacional a partir de 1993. A construção da sede levou em consideração a arquitetura moderna da cidade de Brasília, construída de forma ampla em seus alojamentos e escritórios, assim como em um espaço externo com uma ampla jardinagem.
Hoje a sede nacional das POM abriga a direção nacional e as secretarias das Obras Pontifícias, sendo também espaço com auditório e salas de encontro, capela e biblioteca.