As Pontifícias Obras Missionárias foram criadas no Brasil em 20 de novembro de 1978, por iniciativa dos superiores provinciais das congregações: Missionários da Consolata, Missionários Combonianos, Missionários do Verbo Divino, Missionários Xaverianos, Missionárias da Imaculada e PIME (Pontifício Instituto das Missões ao Exterior).

A primeira sede nacional das POM foi em São Paulo. Em maio 1979 decidiu-se criar uma filial das POM em Brasília para facilitar o diálogo e comunhão com a CNBB. A filial de Brasília, a partir de fevereiro de 1982, se transferiu para o Centro Cultural de Brasília (CCB dos Jesuítas).

Por indicação do cardeal dom José Falcão, em dezembro de 1987 foi proposta a compra de um terreno de 15 mil metros quadrados em Brasília. No local funcionava o colégio Santa Maria das irmãs de São Domingos. Em dezembro de 1988 foi realizada a compra do terreno da atual sede. Em 1989 assume Pe. João Panazzolo como diretor nacional, ficando na direção até 1999. Em 1º.10.1990 a filial de Brasília se transferiu para SGAN 905, conjunto B, local da atual da sede. Em 1993 definitivamente se faz a transferência da sede de São Paulo para Brasília.